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同治七年十一月，上海巡撫李鴻章升任浙閩總督，上海巡撫空缺，恭親王提請沈桂芬入直軍機，太后不許，“軍機處類比前朝內閣，雖無宰相一職，卻有宰相之實，號令百官，調理陰陽，沈桂芬雖然有大才，可畢竟才一任巡撫，若是驟然升遷，恐生物議，不如先至上海，擔任巡撫，洋務差事磨練久了，自然可簡拔入京，再擔任要職。”恭親王願意屬沈桂芬任工部尚書，進而入直軍機，聽太后一說，到是也覺得可以，於是同治七年十二月，上旨，沈桂芬任為上海巡撫，沒幾日就南下赴任去了。

李鴻章感激涕零，今年不過是四十五歲的年紀，就已經擔任了總督一職，總督的級別還在尚書之上，乃是從一品的大臣，若是將來入京，也只能是入直軍機才能匹配的上，離京朝見的時候，太后密旨讓李鴻章準備籌辦南洋水師事宜，李鴻章應諾。

同治八年三月，直隸總督官文入京任武英殿大學士，兼任滿工部尚書，工部漢尚書太后原本屬意胡林翼，胡林翼堅辭不就，恭親王也一力反對，所以暫時空缺，之後，由左都御史譚亭襄接任，同樣也加了大學士的銜；左都御史由右都御史董元醇繼任。

四月，安徽巡撫江忠源調入京中擔任兵部尚書。

五月，命文華殿大學士胡林翼入直軍機，“參贊政務”。張之洞出任漢陽知府，籌辦漢陽鐵廠。

九月，曾國荃署理四川總督，李鴻章之兄李翰章出任貴州巡撫。劉坤一任兩廣總督。金州將軍金寶覲見。太后嘉許，升任甘肅巡撫，參贊西北軍務。

太后恭親王多用漢人，且泰半湘人，八旗上下怨言頗多。太后聽聞笑道：“這還不簡單？”命軍機處下旨，於河南山東兩省新設“中原總督”，由御前大臣，統領侍衛大臣、滿洲鑲黃旗都統左丹梅出任，又增設理教院，統領天下宗教。管僧尼道會等人。增設教育部，統管教育、學校、學生之事；恰逢京師講武堂建成，又命旗人少年，“不進科舉，或是不入講武堂者。不得授六品以上之官位。”官文隨即也入直軍機，只是官文頗為驕傲，素來是目下無人，和恭親王也不算和睦，入了軍機也是添亂居多。如此以來，新設立了從一品大員一位，正二品大員兩位，從三品以下無數。安置了不少人。同治八年之後，吏改官制度推廣至兩江、浙閩、兩廣、天津七省。

西疆之事，白蓮教等教入新疆傳教。改變新疆伊斯蘭教一家獨大的局面，諸教爭鳴，再加上科舉教育取人之功，將諸部和朝廷的聯絡加緊了，阿古柏聲勢日益頹廢，終於同治八年十月。攻破喀什，宣告阿古柏之亂平定。阿古柏隻身逃往布魯特部，被浩罕國主擒住。親自獻到喀什的左宗棠大營，左宗棠大聲呵斥浩罕國主，命其押送阿古柏入京朝見，並上書朝廷，要求與俄羅斯議定西北邊境，吏部趁機在新疆設立布政使司二，府十二，縣九十六，不以收稅為責，、只以教化之功為主。兵部設提督二、總兵四、將軍九。只是英俄兩國不甘失敗，又在暗地裡策劃什麼。

外蒙古設庫倫、烏里雅蘇臺、烏梁海三宣慰使以及屬官，由中央派遣流官，並設定司法官，多用滿蒙漢八旗之官，不干涉蒙古諸部內政，藉著平定阿古柏之威，諸部不敢妄為，理藩院制定《內外藩條例》，就內藩、外藩的權利義務進行了規定，內藩限制約束甚多，不如不得自建一國，只可稱汗，不得稱國主等，可優惠條款也多，官道、交易等都是諸部需要的，�