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o;外加&ldo;反革命分子&rdo;，被北大紅衛兵抄家、揪鬥、關押，站&ldo;鬥鬼臺&rdo;，送&ldo;黑幫勞改隊&rdo;改造。後來，隨著原東北軍出身的將領張學思(張學良胞弟)、呂正操等相繼被逮捕、關押，熊大縝再度死屍復活，幽靈突現，引起了有關部門的重視。1968年4月，中央軍委辦公廳&ldo;呂正操專案組&rdo;將葉企孫作為國民黨特務逮捕，送入大牢關押起來，進行無休止的審訊，令其交待與熊的關係和自己從事的特務活動。在押期間，專案組進行了大量的&ldo;內查外調&rdo;，除葉本人外，曾對眾多人員、包括許多知名人士如翁文灝、馮友蘭、趙訪熊、戴世光、何成鈞、周仁、周同慶、吳澤霖，以及清華大學秘書長沈履、原清華庶務科長畢正宣等等進行調查、審問。一時間，搞得雞飛狗跳，人人自危，凡與葉企孫熟悉的朋友、同事皆處在驚慌恐怖之中。在威逼恐嚇下，有的被審問者始終堅持了高尚的人格魅力與文化良知，以事實相告，而另有部分人出於各自的目的，信口開河，甚至有些神經質地胡言亂語，使本來並不複雜的一個案件，變得撲朔迷離，難辨真偽，最後導致許多人捲入案中蒙受不白之冤。如清華大學一位中層行政幹部在專案組單獨調查、審問時，&ldo;揭發交待&rdo;說：&ldo;中統(特務組織)在清華，梅貽琦、吳澤霖、沈履、葉企孫、戴世光等人是領導核心。梅貽琦總其全權，在北平由國民黨市黨部情報組直接領導。&rdo;又說：&ldo;清華的幾個院長如馮友蘭、陳岱孫、湯佩松等人都是中統分子……在清華反動組織中統骨幹分子的分工，據我所瞭解的是，沈履負責職工方面的工作，戴世光負責學生方面;吳澤霖負責教師方面的。沈履在一次談話中還說到過葉在校內監視進步教師的一些活動&rdo;等等。

面對這位清華中層幹部的口供，專案組一次又一次地找相關人員進行調查、審問。當調查到被&ldo;揭發&rdo;的戴世光時，戴回答說：&ldo;我沒有聽說過清華有什麼中統組織，我想，中統大概是指國民黨反動派的特務組織，而不是國民黨時代的中國統計學會。我參加過中國統計學會，是會員，但清華沒有統計分會。葉企孫沒有，也不會參加中國統計學會。&rdo;

如此往復調查、審訊，葉企孫在獄中反覆解說、回憶、爭辯、檢討、坦白、認罪，在極度恐慌、無休止的坦白交待與花樣百出的折磨中，身體狀況急劇下降，即將斃於獄中。專案組認為&ldo;葉證據不足，不能定特務&rdo;，但又不知如何處置，遂將情況上報，在周恩來的批示下，於1969年底，葉企孫被放出監獄，但仍由北大紅衛兵組織繼續對其實行&ldo;隔離審查&rdo;。也就是說，中央軍委專案組歷時一年半未能搞清的案情，將由&ldo;神通廣大&rdo;的紅衛兵小將們來完成。葉企孫出了監獄又步入地獄，從此落入紅衛兵的棍棒皮帶之下，經受更嚴酷的凌辱與折磨。經過一陣審查訊問和亂拳加亂棍的摔打錘鍊，葉企孫神經紊亂，&ldo;幻聽症&rdo;再度復發。早在葉入獄之前，葉就在紅衛兵組織無休止的揪鬥批判中，神經錯亂。從葉的侄子、畢業於清華的物理學家葉銘漢被迫寫下的&ldo;揭發材料&rdo;中，可以看到葉企孫當時的&ldo;真實面目&rdo;。

&ldo;材料&rdo;交待說：今年(1967)11月，反革命分子葉企孫被揪出，北大貼出打倒葉企孫的大字報，我去看了一下，才知道所謂的&ldo;抗日遊擊&rdo;，實際上是反共反人民的特務活動。新北大公社的大字報說，校文革和新北大公社早就掌握了葉的材料，並曾上報中央文革，因案情嚴重，牽涉到很多人，所以沒有公佈