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少佐，1944年由西俊英少佐接任。該支隊設在孫吳鎮的西山，編有研究人員136名。孫吳地處邊境要塞，位於大興安嶺東麓，北安與黑河之間，戰略地位十分重要。1940年6月日本開始在距該鎮西南115公里的西山上營建孫吳支隊，同年冬完成。當時動用了從外地抓來的近千名勞工，為了不使其秘密洩露，日軍在竣工後把這些勞工全都秘密殺害。

最初編有研究人員30多人，到1942年增至80多人，最後達到136人。整個支隊有營舍300餘間，其中15間用於培養鼠類和各種動物，共養鼠千餘只，豚鼠200餘只，兔子50餘只，羊3隻。此外，還配製跳蚤。這裡每年興辦兩期培訓班，負責人為金澤少尉，培養細菌研究的各類專業人員，每期學員十五六名，從1944年到1945年8月中旬，僅1年半的時間就培訓學員近50名。

從1945年3月起，日軍在南太平洋一帶遭到嚴重挫折的同時，加緊了對蘇作戰的準備，根據石井四郎的命令，孫吳支隊也加緊了戰備，增建了裝置室，抓緊安裝731部隊本部調撥來的各種細菌生產裝置，但這些裝置尚未使用，日本就投降了。投降之前的1945年8月11日，日軍將動物舍、營舍和宿舍以及各種檔案、資料全部燒毀。現在孫吳支隊的遺蹟依然存在。

海拉爾支隊又稱543支隊，首任支隊長是清水富士夫，最後一任是加藤恆則少佐。設在海拉爾市西南115公里處，編有研究人員226名。海拉爾位於大興安嶺西麓、呼倫貝爾草原東部、伊敏河與海拉爾的匯合處。它是內蒙古東部的邊陲重鎮。1934年，偽滿洲國設立興安北省，以海拉爾為省會，當時居住在海拉爾的中國蒙漢居民僅25000人，而日偽軍警人員卻高達十多萬，海拉爾實際上變成了進攻蘇聯的前哨。

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